修改前和修改后的商标法均规定，商标注册人可以通过签订商标使用许可合同，许可他人使用其注册商标，商标使用许可合同应当报商标局备案。1993年商标法实施细则还规定，许可人和被许可人应当在许可合同签《商标法》订之日起三个月内，将许可合同副本交送所在地县级工商行政管理机关存查，由许可人报送商标局备案，并由商标局予以公告。违反此项规定的罚则是，由许可人或者被许可人所在地工商行政管理部门责令限期改正；拒不改正的，处以一万元以下的罚款，直至报商标局撤销该注册商标。与此相比，2002商标法实施条例虽也规定许可人和被许可人应当在许可合同签订之日起三个月内将合同副本报送商标局备案，但既没有规定存查和公告程序，也没有规定不报送备案应负的法律责任。虽然商标法规定商标使用许可合同“应当”备案，但是商标许可使用合同是不是必须经过备案才产生法律效力呢，答案显然是否定的。
首先，修改后的商标法和实施细则已经充分体现了尊重私权自治的原则，商标许可使用是民事主体之间自愿发生的民事行为，双方许可使用合同一经签订即产生法律效力，除非当事人特别约定，不需要经过他人的批准或确认，如果发生法律上的纠纷，双方当事人则可以寻求司法救济。其次，许可使用协议是主合同，许可备案是从合同，按照主合同与从合同的关系，主合同不依赖从合同而独立存在，从合同以主合同的存在为前提，在效力上受主合同的影响和制约，因此不进行许可备案并不影响许可协议的成立，除非双方在许可协议中有特别的约定。既然备案不是商标许可使用的必经程序，也不是许可合同成立的要件，那么为什么还要规定“应当”备案呢，这一问题可以从另一个角度即商标行政管理角度来理解。现实生活中，社会和法律对执法的效率和准确上提出了越来越高的标准和要求，而合同签订形式的多样化，以及当事人之间合同关系的不确定性，都给日常商标行政管理工作带来了挑战和压力，而经过国家商标主管机关备案的商标许可合同则有利于执法机关掌握商标使用人使用注册商标的情况，及时查处商标侵权行为。所以，从这一角度理解，国家法律作出强制性规定，立法宗旨不在于干涉民事行为，而在于提高执法的准确性，切实保护商标注册人的合法权益，维护正常的公平竞争的社会秩序。